Il Santuario della Beata Vergine della Cintura era inizialmente intitolato alla "Madonna del mulinello" per la presenza di un vecchio mulino ivi esistente.
Il complesso fu eretto nel 1648 per merito dell'Arciprete Don Antonio Barbieri e grazie, anche, alla partecipazione degli abitanti della Contrada Madonna.
Il luogo dove venne edificato presentava i resti di un fienile in rovina. Accanto ad esso era presente, all'interno di una rozza nicchia, una statuetta in marmo della Madonna seduta in trono col Bambino in braccio, cinti entrambi da una cintura ai fianchi e coronati da un'aureola di angeli.
La rilevanza di tale sito venne sottolineata dallo storico veronese Moscardo che, nel 1668, scrisse che "quel luogo fu sempre tenuto in grande devozione e riverenza con la lampada, et bene spesso li vicini vi facevano orazioni, per il chè nel popolo andava crescendo la fede e la devozione".
L'edificio fu benedetto il 5 Novembre del 1650 e tale evento comportò l'arrivo a Bovolone di molti pellegrini provenienti dai comuni limitrofi, ma anche dalle diocesi più lontane di Verona.
Per questo grande flusso si rese necessario l'affidamento del santuario alla custodia di un apposito cappellano, che provvedesse al culto religioso e all'accoglienza dei pellegrini.
Per tale motivo vennero chiamati a Bovolone i Padri Eremiti di Sant'Agostino, e venne affidata ad essi la celebrazione del Santuario. Lì dappresso fu eretta anche la loro cella di eremiti.
La chiesa divenne oggetto di interesse delle più abbienti famiglie del paese, che intervennero facendo adornare il grande altare con marmi policromi.
Sopra tale altare venne posta una pala settecentesca con la Madonna, il Bambino e due Santi che, in origine, era raccolta da una ricca cornice dorata.
Alla fine del '600, all'interno del santuario, venne pure posto un grande organo e, nel 1730, fu innalzato il campanile.
La presenza dei Padri Eremiti di Sant'Agostino venne interrotta dall'avvento della Rivoluzione Francese e dall'arrivo, a Bovolone, delle truppe guidate dal generale Napoleone. Queste occuparono il paese e devastarono il Santuario, che venne depredato e spogliato di ogni apparato decorativo.
Il santuario rimase comunque importante dal punto di vista devozionale, al punto che alcuni Arcipreti decisero di esservi sepolti: don Giovanni Morando, morto nel 1724, don Francesco Tracco, deceduto nel 1820, e don Filippo Accordi, morto nel 1857.
Nel santuario fu inoltre sepolto anche il Padre eremita Fra' Francesco Guarise, deceduto nel 1749.