I lavori per la costruzione di questo complesso ebbero inizio il 19 Settembre del 1844, grazie all'intervento dell'Arciprete Don Filippo Accordi e si protrassero fino alla sua morte avvenuta nel 1857.
I parroci che lo succedettero non ebbero i mezzi di proseguire nei lavori, che vennero ripresi solo nel 1913 per merito dell'Arciprete Don Quintiliano Bortoli. Vennero, però, interrotti con l'avvento della Prima Guerra Mondiale nel 1915, e quindi ripresi nel 1922.
Nell'ottobre del medesimo anno venne posta la statua del Cristo Redentore sulla sommità della facciata. Il complesso venne terminato solo negli anni '30, grazie alla presenza del Monsignore Bartolomeo Pezzo e fu benedetto il 5 Ottobre del 1935. La consacrazione della chiesa avvenne, però, solo il 6 ottobre del 1945.
All'interno della struttura è stato collocato in tempi recenti un sarcofago in pietra, visibile sul lato destro appena entrati. L'arca contiene le spoglie del Monsignor Nicolò Ormaneto, nobile veronese, avvocato, professore e figura emblematica nella realtà di Bovolone. Egli ricoprì numerosi incarichi ecclesiastici e fu, inoltre, consigliere e teologo al Concilio di Trento, Vicario generale di San Carlo Borromeo di Milano, Vescovo di Padova, Nunzio Apostolico alla Corte di Madrid, nonché parroco della Chiesa di San Giuseppe dal 1543 al 1570.
La pavimentazione della chiesa ha subito un recente rifacimento, che ha comportato la copertura del precedente pavimento in cemento con un rivestimento in marmo.
Nel 1998 si è, inoltre, inserito un nuovo organo fatto di ben 1300 canne: nella sua costruzione si sono voluti recuperare gli antichi criteri della meccanica, armonizzandoli con le più moderne tecnologie.
Il 25 Aprile viene ricordato e omaggiato il bovolonese Paolo Bozzi (1550-1628) con l'esibizione del coro si San Biagio che ne rievoca le musiche. Bozzi fu un eminente letterato poeta drammatico e scrittore di musica e storia sacra al servizio della Repubblica Serenissima di Venezia.